Alfons Weichenrieder promovierte 1995 an der LMU München. Er unterrichtete an der LMU, an der Universität Princeton sowie an der Universität Wien, bevor er im Oktober 2002 die Professur für Finanzwissenschaft an der Goethe-Universität Frankfurt übernahm.
Alfons Weichenrieder ist seit 2010 Gastprofessor an der Wirtschaftsuniversität Wien und seit 2023 stellvertretender Vorsitzender des Wissenschaftlichen Beirats beim Bundesministerium der Finanzen.
Darüber hinaus ist er Research Fellow des Leibniz Instituts für Finanzmarktforschung SAFE und International Fellow am Center for Business Taxation der Oxford Universität, wo er auch im Studienjahr 2008/2009 Gastprofessor war. Er ist Netzwerkmitglied im CESifo, Mitglied des Norwegischen Steuerzentrums NoCeT und Mitglied im Forschungsausschuss von MaTax (Mannheim).
Er fungierte als wissenschaftlicher Gutachter für die OECD und nationale Regierungen. Weichenrieder ist geschäftsführender Herausgeber der ältesten Zeitschrift für Finanzwissenschaft, des „FinanzArchiv“ und Advisory Board Member der Zeitschrift International Tax and Public Finance.
Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der internationalen Besteuerung, der europäischen Fiskalpolitik und zuletzt auch vermehrt im Umweltbereich.