An Introduction to Markov State Models and Their Application to Long Timescale Molecular Simulation

Sprache: Englisch

Verlag: Springer, 2016

9402407626 / 9789402407624

Serie: Buch 157 von 544 - Advances in Experimental Medicine and Biology

Anbieter: AHA-BUCH GmbH, Einbeck, DeutschlandAHA-BUCH GmbH

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Druck auf Anfrage Neuware - Printed after ordering - The aim of this book volume is to explain the importance of Markov state models to molecular simulation, how they work, and how they can be applied to a range of problems.The Markov state model (MSM) approach aims to address two key challenges of molecular simulation:1) How to reach long timescales using short simulations of detailed molecular models.2) How to systematically gain insight from the resulting sea of data.MSMs do this by providing a compact representation of the vast conformational space available to biomolecules by decomposing it into states sets of rapidly interconverting conformations and the rates of transitioning between states. This kinetic definition allows one to easily vary the temporal and spatial resolution of an MSM from high-resolution models capable of quantitative agreement with (or prediction of) experiment to low-resolution models that facilitate understanding. Additionally, MSMs facilitate the calculation of quantities that are difficult to obtain from more direct MD analyses, such as the ensemble of transition pathways.This book introduces the mathematical foundations of Markov models, how they can be used to analyze simulations and drive efficient simulations, and some of the insights these models have yielded in a variety of applications of molecular simulation.

Bestandsnummer des Verkäufers 9789402407624

Titel
An Introduction to Markov State Models and Their Application to Long Timescale Molecular Simulation
Autor
Vijay S. Pande
Verlag
Springer
Veröffentlichungsjahr
2016
Zustand
Neu
Einband
Taschenbuch
Sprache
Englisch
ISBN-10
9402407626
ISBN-13
9789402407624
Artikelgewicht
300 Gramm
Abmessungen
254x178x9 mm
Serie
Buch 157 von 544: Advances in Experimental Medicine and Biology

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