Computational Genomics with R provides a starting point for beginners in genomic data analysis and also guides more advanced practitioners to sophisticated data analysis techniques in genomics. The book covers topics from R programming, to machine learning and statistics, to the latest genomic data analysis techniques. The text provides accessible information and explanations, always with the genomics context in the background. This also contains practical and well-documented examples in R so readers can analyze their data by simply reusing the code presented. As the field of computational genomics is interdisciplinary, it requires different starting points for people with different backgrounds. For example, a biologist might skip sections on basic genome biology and start with R programming, whereas a computer scientist might want to start with genome biology.

After reading:

You will have the basics of R and be able to dive right into specialized uses of R for computational genomics such as using Bioconductor packages.
You will be familiar with statistics, supervised and unsupervised learning techniques that are important in data modeling, and exploratory analysis of high-dimensional data.
You will understand genomic intervals and operations on them that are used for tasks such as aligned read counting and genomic feature annotation.
You will know the basics of processing and quality checking high-throughput sequencing data.
You will be able to do sequence analysis, such as calculating GC content for parts of a genome or finding transcription factor binding sites.
You will know about visualization techniques used in genomics, such as heatmaps, meta-gene plots, and genomic track visualization.
You will be familiar with analysis of different high-throughput sequencing data sets, such as RNA-seq, ChIP-seq, and BS-seq.
You will know basic techniques for integrating and interpreting multi-omics datasets.

Altuna Akalin is a group leader and head of the Bioinformatics and Omics Data Science Platform at the Berlin Institute of Medical Systems Biology, Max Delbr�ck Center, Berlin. He has been developing computational methods for analyzing and integrating large-scale genomics data sets since 2002. He has published an extensive body of work in this area. The framework for this book grew out of the yearly computational genomics courses he has been organizing and teaching since 2015.

�ber die Autorin bzw. den Autor

Dr. Altuna Akalin is a bioinformatics scientist and the head of Bioinformatics and Omics Data Science Platform at the Berlin Institute of Medical Systems Biology, Max Delbr�ck Center in Berlin. He has been developing computational methods for analyzing and integrating large-scale genomics data sets since 2002. His interest is in using machine learning and statistics to uncover patterns related to important biological variables such as disease state and type. He has lived in the USA, Norway, Turkey, Japan, and Switzerland in order to pursue research work and education related to computational genomics.

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Conor Kenny

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Sie haben das Recht, binnen vierzehn Tagen ohne Angabe von Gr�nden diesen Vertrag zu widerrufen.

Die Widerrufsfrist betr�gt vierzehn Tage ab dem Tag, an dem Sie oder ein von Ihnen benannter Dritter, der nicht der Bef�rderer ist, die letzte Ware oder die letzte Teilsendung bzw. das letzte St�ck in Besitz genommen haben bzw. hat.

Um Ihr Widerrufsrecht auszu�ben, m�ssen Sie uns, Kennys Bookstore, The Museum at Tall Timbers, 2707 Olney - Sandy Spring Road, 20832, Olney, Maryland, U.S.A., +353 91709350, mittels einer eindeutigen Erkl�rung (z.B. ein mit der Post versandter Brief, Telefax oder E-Mail) �ber Ihren Entschluss, diesen Vertrag zu widerrufen, informieren. Sie k�nnen daf�r das beigef�gte Muster-Widerrufsformular verwenden, das jedoch nicht vorgeschrieben ist. Sie k�nnen auch eine andere eindeutige Erkl�rung auf der Webseite "Meine Bestellungen" in Ihrem "Nutzerkonto" elektronisch ausf�llen und �bermitteln. Machen Sie von dieser M�glichkeit Gebrauch, so werden wir Ihnen unverz�glich (z. B. per E-Mail) eine Best�tigung �ber den Eingang eines solchen Widerrufs �bermitteln. Zur Wahrung der Widerrufsfrist reicht es aus, dass Sie die Mitteilung �ber die Aus�bung des Widerrufsrechts vor Ablauf der Widerrufsfrist absenden.

Folgen des Widerrufs

Wenn Sie diesen Vertrag widerrufen, haben wir Ihnen alle Zahlungen, die wir von Ihnen erhalten haben, einschlie�lich der Lieferkosten (mit Ausnahme der zus�tzlichen Kosten, die sich daraus ergeben, dass Sie eine andere Art der Lieferung als die von uns angebotene, g�nstigste Standardlieferung gew�hlt haben), unverz�glich und sp�testens binnen vierzehn Tagen ab dem Tag zur�ckzuzahlen, an dem die Mitteilung �ber Ihren Widerruf dieses Vertrags bei uns eingegangen ist. F�r diese R�ckzahlung verwenden wir dasselbe Zahlungsmittel, das Sie bei der urspr�nglichen Transaktion eingesetzt haben, es sei denn, mit Ihnen wurde ausdr�cklich etwas anderes vereinbart; in keinem Fall werden Ihnen wegen dieser R�ckzahlung Entgelte berechnet. Wir k�nnen die R�ckzahlung verweigern, bis wir die Waren wieder zur�ckerhalten haben oder bis Sie den Nachweis erbracht haben, dass Sie die Waren zur�ckgesandt haben, je nachdem, welches der fr�here Zeitpunkt ist. Sie haben die Waren unverz�glich und in jedem Fall sp�testens binnen vierzehn Tagen ab dem Tag, an dem Sie uns �ber den Widerruf dieses Vertrags unterrichten, an Kennys Bookstore, The Museum at Tall Timbers, 2707 Olney - Sandy Spring Road, 20853, Olney, Maryland, U.S.A., +353 91709350, zur�ckzusenden oder zu �bergeben. Die Frist ist gewahrt, wenn Sie die Waren vor Ablauf der Frist von vierzehn Tagen absenden.

Sie tragen die unmittelbaren Kosten der R�cksendung der Waren. Sie m�ssen f�r einen etwaigen Wertverlust der Waren nur aufkommen, wenn dieser Wertverlust auf einen zur Pr�fung der Beschaffenheit, Eigenschaften und Funktionsweise der Waren nicht notwendigen Umgang mit ihnen zur�ckzuf�hren ist.

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(Wenn Sie den Vertrag widerrufen wollen, dann f�llen Sie bitte dieses Formular aus und senden Sie es zur�ck)

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